Игра начинается с воспоминания 47 о контракте в парке развлечений Балтимора, где некоторое время назад из-за поломки колеса обозрения погибло много людей. Отец одной из жертв сделал заказ Агентству на убийство бывшего директора парка, которого по странному стечению обстоятельств оправдали на суде. 47, сбежав от европейских конкурентов в США, с радостью соглашается выполнить этот контракт. Кроме двух последующих миссий в Чили и Париже, действие которых происходит до событий этой миссии, остальные миссии хронологически следуют после этой.

Наше время. Репортёр из известной газеты приезжает к бывшему директору ФБР по имени Лиланд «Джек» Александр, чтобы взять интервью по поводу недавнего нападения на Белый дом, но Александр использовал согласие на интервью, как предлог для того, чтобы рассказать о таинственном 47. Они начинают обсуждать действия 47 за последние два года (2004—2005). Александр рассказывает репортёру о том, что он давно охотился на 47, поскольку якобы боялся, что недобропорядочные люди могут использовать его для создания целой армии идеальных клонов, однако игрок вскоре понимает, что то, что рассказывает Александр несколько не соответствует реальным событиям. Александр говорит, что однажды ему наконец удалось выйти напрямую на 47.

Киллеров Агентсва убивают одного за другим. Диана вынуждена закрыть Агентство. 47 уезжает из города, но встречает старого знакомого агента ЦРУ Смита. Тот предлагает 47 важнейшую миссию за которую он заплатит несколько миллионов долларов — 47 должен убить вице-президента Даниэля Морриса и клона-альбиноса Марка Парчези III, который получил заказ на убийство президента. Они оба представляют теневую организацию, занимающуюся клонированием, которая желает монополизировать этот рынок, а президент со своим желанием легализовать клонирование, может сильно помешать планам этой организации.

47 удаётся выполнить задание, которое позже назовут «Атакой на Белый дом». Оперативники врага и полиция начинают охотиться на него и он вынужден спрятаться в своем убежище. Вскоре его навещает Диана, которая говорит, что знает, как избавиться от Франшизы. Она обманом вкалывает ему яд и 47 теряет сознание.

Наши дни. Джек клянётся репортёру, что им наконец удалось захватить мистера 47. Он отвозит его на похороны 47.

Тело 47 лежит в гробу в окружении охраны. Диана подходит к нему, кладёт ему на грудь пистолеты Silverball и целует в губы. Становится понятно, что яд, который она ввела 47, не настоящий, а на губах у нее был нанесён антидот (таким же способом 47 вызволил из клиники агента Смита).

Далее может произойти две концовки:

Концовка 1:

Плохая концовка. Антидот не подействовал и 47 опускается в крематорий.

Концовка 2: (чтобы активировать эту концовку, игроку необходимо нажимать кнопки движения, когда по экрану пойдут титры)

Верная концовка. 47 приходит в себя. Управление переходит к игроку. Главный герой встает с пистолетами и у вас появялется шанс убить кого угодно в церкви, включая Лиланда .

Через некоторое время после этой бойни, Диана видимо вновь открывает Агентство, и любуется гаванью Копенгагена. Она получает звонок от кого-то, кого она называет «Ваше Величество», она отвечает ему, что след 47 пропал. В это время, 47 в потрёпанном борделе разговаривает с китайцем в традиционной одежде, который уводит его за кулисы, где экран темнеет и идут титры.