Ладно, предположим я хочу обновиться с linuxdcpp-20061012 до linuxdcpp-20070403 (хотя в этом случае нету практически никакого ускорения сборки, т.к. пакет очень маленький - всего 328Kb.)
Версия 20061012 отличаеться от 20070403 тем, что первой не хватает некоторых файлов, и несколько десятков имеют разную дату изменения. Так вот, утилита make сама соберет только эти файлы и те которые от них зависят напрямую. А остальные уже были собраны ранее...
P.S. не совсем понял что ты имеешь ввиду под "обновлением с нуля"