ArcFi, что-то тут не то. Ведь там написано, что опция -format предназначена для утилиты identify. В случае с convert она бесполезна.
А много файлов можно обработать так. Положи для простоты их в один каталог, например, input/
а затем примерно такое используй (это сценарий на bash)
Код:
for i in `ls -1 /путь/до/input/*.png`; do
convert [опции] "$i" /куда/складывать/"`basename "$i" .png`".JPG
done
Суть в том, что надо шелл подключать для пакетной обработки. Ну и знать его.