Frosty, если напряжно через /dev/hands, то пиши скриптик, куда вноси список нечистотных директорий и делай внутри них что-нибудь вроде 'rm -R <dir_name>/*' ...
Кстати, ".Trash-<username>" - корзина в каждом из разделов диска, а "*~" - резервные копии редактированных с помощью gedit (kwrite) текстовых файлов.