Вообще есть такая штука как diff.
Т.е. ты можешь посмотреть то, что есть у тебя, и чего нет в репозитории:
Код:
diff /download_debs_dir /media/disk.karelia.ru/u/ubuntu/
Только вот надо вывод этой программы "подпилить", и тогда можно будет автоматизировать процесс...