Именно так и понимать. Все медиафайлы будут скопированы в указанную тобой папку (Ту, которую и будет дальше использовать iTunes как свою фонотеку). Но скопирована она будет в полном соответствии с тегами файлов. То есть по исполнителю -> альбому. По-моему - удобно.
После этого можешь поступать с исходной папкой как угодно.
Если места на диске мало, а хочется упорядочить файлы, можно просто создать фонотеку iTunes в отдельной папке и по очереди (например по исполнителям) копировать туда файлы через программу.
Добавлено через 5 минут
Boodmazer, из видео проигрывает только родные .mov-файлы, .mp4 (.m4v) и еще .mpg. Остальные только через плагины, которые собраны отнюдь не отлично.
Если комп мощный, то вышеуказанные типы воспроизводятся без проблем. Но ресурсы при этом съедаются под ноль. Думаю, удобно если только клипы смотреть.