Какие "конфликты" ты имеешь ввиду?
У меня довольно долгое время один логический диск был оставлен в FAT32 для совместимости с старыми играми и программами, никаких конфликтов не замечал. Сейчас в принципе старые файловые системы не нужны если не установлены старые ОС (например Win98).
P.S. Доп. сведения можно найти в справке Windows.