ЦДСА отсутствовал среди лучших команд страны всего два сезона. Весной 1953 умер Сталин, через некоторое время был арестован и расстрелян Берия. Осенью того же года министр обороны Николай Булганин подписал приказ о воссоздании футбольных команд при окружных домах офицеров, в том числе и ЦДСА. Старшим тренером команды был назначен Григорий Пинаичев, помощники — Константин Лясковский и Григорий Федотов. С набором состава были некоторые проблемы — многие из звёзд «команды лейтенантов» уже либо закончили карьеру, либо находились в солидном для футболистов возрасте. Тем не менее, в возрождённую команду вошли вратари Владимир Никаноров, Борис Разинский, защитники Анатолий Башашкин, Юрий Нырков, Анатолий Порхунов, Анатолий Крутиков (пришёл из «Химика»), полузащитник Александр Петров, нападающие Владимир Дёмин, Василий Бузунов (перешёл из команды ДО (Свердловск)), Виктор Фёдоров, Сергей Коршунов (оба из расформированной команды ВВС попавшего в опалу Василия Сталина).
Первый матч возрождённая команда ЦДСА провела 5 апреля 1954 в Киеве с «Торпедо» из Горького. Матч закончился со счётом 1:1, гол у армейцев забил Василий Бузунов. Через неделю там же ЦДСА уступил местному «Динамо». Сезон критикуемая в прессе за невыразительную игру команда завершила на 6 месте (из 13) с 24 очками. Тем не менее, команда иногда была способна на равных бороться и с лидерами. Так, со счётом 2:1 в том сезоне был обыгран московский «Спартак» (голы забивали Коршунов и Бузунов).
Следующий сезон для ЦДСА сложился лучше, даже несмотря на то, что состав серьёзно изменился — закончили карьеру Нырков и Дёмин, в «Спартак» перешёл Коршунов, вернулся в Свердловск Бузунов. В чемпионате можно выделить победы над тбилисским «Динамо» в гостях (3:0) и московским «Спартаком» (3:1). В кубке же армейцы последовательно прошли куйбышевские «Крылья Советов», «Динамо» (Тбилиси) и столичный «Локомотив».
Финал кубка состоялся 16 октября 1955 в Москве на стадионе «Динамо». На 10 минуте с передачи Йожефа (Иосифа) Беца счёт открыл Владимир Агапов. Через три минуты динамовцы отыгрались. В конце первого тайма за фол против Юрия Беляева арбитр Николай Латышев назначил в ворота «Динамо», которые защищал Лев Яшин, к точке подошел Агапов. И тут не выдержали нервы у Яшина. Обидевшись на какую-то шутку Агапова, динамовский вратарь в следующем моменте откровенно нагрубил и был удалён с поля. В ворота встал полузащитник Байков. Оставшиеся в меньшинстве динамовцы стремились отыграться, но взломать оборону армейцев они не смогли. Армейцы завоевали первый после возрождения команды трофей.
Чемпионат 1955 (как и следующий 1956-го года) ЦДСА закончил на 3 месте.
В межсезонье 56—57 состав армейцев претерпел значительные изменения, клуб покинули несколько ключевых игроков: в «Торпедо» перешёл Анатолий Савин, в «Закарпатье» — Фёдор Ванзел, а в «Спартак» ушёл вратарь Валентин Ивакин. Пополнился состав армейцев за счёт правого полузащитника Германа Апухтина, перешедшего из московского «Локомотива»; вернувшегося из свердловского ОДО Василия Бузунова. Оттуда же перешли Николай Линяев, Игорь Михин и Эдуард Дубинский. В феврале 1957 года команда поменяла название на ЦСК МО — это было связано с внутриармейской реформой. Центральный клуб армии представлял теперь не Центральный Дом Советской Армии, а Центральный Спортивный клуб Министерства обороны. Сезон 1957 года ЦСК МО закончил, заняв 5 место. В сезоне 1957 года завершил карьеру защитник Анатолий Башашкин, последний из «команды лейтенантов».
Посчитав 5 место неудовлетворительным результатом, руководство клуба отправило главного тренера Григория Пинаичева в отставку, вместо него во главе клуба встал Борис Аркадьев, в тренерской работе которому помогал Всеволод Бобров. Аркадьев перестроил команду под схему 3+3+4, которая помогла армейцам завоевать бронзовые медали в сезоне 1958 года.
Борис Аркадьев
В межсезонье 58—59 в команду из московского «Динамо» перешёл нападающий Алексей Мамыкин. Перестройка команды продолжалась и в сезоне 1959 года — на протяжении всего чемпионата тренерский штаб пытался выработать оптимальный состав, однако результатов это не принесло, ротация футболистов мешала сыгранности армейцев. В 1959 году команда заняла лишь 9 место.
В 1960 году во главе ЦСК МО вновь стал Григорий Пинаичев. В этом же году главный армейский клуб страны в последний раз сменил своё название, и стал называться ЦСКА. В сезоне 1960 года формула чемпионата была изменена, количество команд высшей лиги было увеличено до 22 коллективов, распределённых в две подгруппы по 11 команд в каждой. В финальный этап чемпионата, в котором разыгрывались медали, выходило по три команды из каждой подгруппы. ЦСКА выступал во второй подгруппе, в которой за выход в финальный этап боролись «Динамо» (Киев), «Спартак» (Москва) и «Локомотив» (Москва). 19 июля 1960 года на стадионе Лужники проходила встреча ЦСКА — «Динамо» Киев, которая во многом решала судьбу выхода в финальный этап. На 65 минуте встречи, при счёте 1:1, за фол в пределах штрафной площадки рижский судья Эдгар Клавс назначил в ворота армейцев пенальти. Пробил пенальти нападающий киевлян Валерий Лобановский, однако вратарь москвичей Юрий Коротких сумел отбить мяч в прыжке. Судья принял решение перебить пенальти, Лобановский со второй попытки забил. Через некоторое время, крайний полузащитник москвичей Евгений Крылов сделал подкат под футболиста Динамо Олега Базилевича, за что получил красную карточку. После удаления Крылова на поле выбежали 150—200 раздосадованных болельщиков ЦСКА, некоторые из которых напали на арбитра. Игра была остановлена, армейцам засчитали поражение. После матча несколько десятков болельщиков были задержаны и получили по 15 суток, ещё четверо болельщиков были осуждены на сроки от двух до шести лет. ЦСКА все же пробился в финальный турнир, однако занял там всего лишь последнее, шестое, место. По окончанию сезона весь тренерский штаб ЦСКА был уволен.
Альберт Шестернёв
В сезоне 1961 года ЦСКА возглавил Константин Бесков, а начальником команды стал Владимир Никаноров. После появления нового тренера санаторий Министерства Обороны «Архангельское» был в короткие сроки переоборудован под тренировочную базу ЦСКА. В межсезонье команда претерпела значительные изменения: в команду города Серпухов ушли Геннадий Силкин, Владимир Агапов и Юрий Коротких; Дезидерий Ковач ушёл в московский «Локомотив». Им на смену пришли нападающие Валентин Бубукин и Владимир Федотов, защитник Альберт Шестернёв; из дубля в основной состав был переведен нападающий Владимир Поликарпов, также команда пополнилась некоторыми другими футболистами.[23] Чемпионат 1961 года был изменён, теперь из двух групп в финальную стадию выходили по 5 команд. ЦСКА начал чемпионат во второй группе, в которой после окончания предварительного этапа занял 1 место, набрав 29 очков и забив 55 мячей. Но в финале армейцы заняли лишь 4 место. В сезоне 1962 года армейцы также не смогли занять призовое место, до бронзы им не хватило 3-х очков. После неудачных выступлений во Франции Бесков был уволен. Вместо него руководство армейского клуба пригласило Вячеслава Соловьёва.
В межсезонье 62—63 команду покинули: нападающие Борис Орешников и Кирилл Доронин, а также полузащитник Евгений Журавлёв. Пополнилась команда за счёт целой группы футболистов. Из московского «Торпедо» в ЦСКА перешли вратарь Анатолий Глухотко, полузащитник Николай Маношин и нападающий Валентин Денисов, из команды «Спартак» (Москва) перешли вратарь Игорь Фролов и нападающий Борис Петров, а из «Динамо» (Москва) перешёл Владимир Пономарёв, который в ЦСКА изменил амплуа с нападающего на правого защитника. Формула чемпионата 1963 года была изменена на классическую. Теперь за золото в высшем дивизионе боролись 20 команд в два круга. Армейцы по итогам чемпионата заняли лишь седьмое место.
В межсезонье команду покинули нападающий Алексей Мамыкин и защитник Николай Линяев, перешедшие в ростовский СКА. Самым ценным приобретением ЦСКА в межсезонье 63—64 стал нападающий Борис Казаков перешедший из клуба «Крылья Советов». В начале сезона главный тренер ЦСКА Вячеслав Соловьёв подал в отставку, его сменил Валентин Николаев. В сезоне 1964 года армейцам удалось завоевать бронзовые медали, отстав от лидеров чемпионата, «Динамо» (Тбилиси), на 3 очка и пропустив вперёд «Торпедо» (Москва). В этом чемпионате ЦСКА одержал самую крупную победу в своей истории, со счётом 10:2 разгромив ярославский «Шинник». В сезоне 1965 года армейцам также удалось занять третье место. По итогам чемпионата ЦСКА выиграл «Приз справедливой игры», за весь сезон заработав лишь одну желтую карточку.
В сезоне 1966 года в клубе вновь сменился тренер, вместо Валентина Николаева руководство клуба назначило главным тренером Сергея Шапошникова. В межсезонье 65—66 в команду перешли Владимир Капличный и Юрий Истомин. По итогам сезона ЦСКА занял 5 место, отстав от лидера чемпионата, киевского «Динамо», на 14 очков.
Владимир Капличный, бессменный капитан ЦСКА и Сборной СССР, за армейцев провел 288 матчей, забил 5 голов
Сезон 1967 года ЦСКА начал неудачно, в 10 матчах команда заработала всего лишь 6 очков, результатом плохого старта стало увольнение с поста главного тренера Шапошникова. В начале июня 1967 года вакантную должность занял Всеволод Михайлович Бобров. С приходом нового тренера ЦСКА немного поправил своё положение в чемпионате страны. После первого круга команда заняла 12 место. Более успешно обстояли дела в розыгрыше Кубка СССР: обыграв в полуфинале бакинский «Нефтяник», армейцы впервые за 12 лет вышли в финал кубка, в котором им предстояло встретится с московским «Динамо». В начале матча футболисты ЦСКА упустили два шанса открыть счёт, на 6 минуте Владимир Поликарпов после розыгрыша углового пробил в штангу, а на 8 минуте мяч, запущенный в нижний угол ворот Владимиром Федотовым, забрал Лев Яшин. На 11 минуте матча динамовцам удалось забить гол: после подачи углового Геннадий Гусаров послал мяч в сетку. В конце первого тайма нападающий Динамо Юрий Вшивцев забил гол, пробив с линии штрафной. Окончательный счёт в матче установил защитник Динамо Виктор Аничкин на 75 минуте игры, забив после подачи штрафного удара. Чемпионат команда завершила, заняв 9 место.
В чемпионате 1968 года армейцам удалось занять 4 место.
В сезоне 1969 года состав армейцев усилился новыми футболистами. Из ташкентского «Пахтакора» в ЦСКА перешёл лучший бомбардир прошлого сезона, нападающий Абдураимов и полузащитник Вячеслав Солохо, из СКА (Хабаровск) перешёл нападающий Борис Копейкин, а из СКЧФ (Севастополь) пришёл вратарь Владимир Астаповский. В первой половине чемпионата ЦСКА выступал уверенно, заняв после первого круга второе место, однако во второй половине армейцы растеряли своё преимущество и заняли лишь шестую строчку в итоговой турнирной таблице. После неудачного сезона Бобров подал в отставку, пост главного тренера вновь занял Валентин Николаев.
Перед чемпионатом 1970 года команда провела межсезонные сборы в Болгарии. Состав армейцев в 1970 году мало изменился по сравнению с предыдущим сезоном. Вшивцев вернулся в «Динамо» (Москва), из-за травмы завершил карьеру Владимир Пономарёв, также по ходу чемпионата ЦСКА покинули Абдураимов и Солохо, вернувшиеся в «Пахтакор». Пополнилась команда за счёт малоизвестных футболистов — полузащитников Николая Долгова, перешедшего из орловского «Спартака», Александра Кузнецова из тульского «Металлурга», а также защитника Валерия Войтенко из «Уралмаша». Сезон ЦСКА начал очень удачно, в первых трех матчах были одержаны три «сухие» победы. Но после первого круга армейцы, набрав 19 очков, заняли всего лишь 4 место. Главному тренеру ЦСКА Валентину Николаеву удалось поправить турнирное положение команды и к концу сезона армейцы смогли догнать лидера турнира, московское «Динамо». Согласно регламенту, действовавшему в то время, в том случае, если две команды набирают равное количество очков, победитель определяется в «золотом матче», который проходит в два тура. Местом проведения матча был выбран город Ташкент. Первая игра была назначена на 5 декабря 1970 года и завершилась нулевой ничьей, на игре присутствовало 60 000 зрителей. Второй матч, который посетили 40 000 болельщиков, проводился на следующий день. На 11 минуте матча после удара защитника ЦСКА Юрия Истомина вратарь «Динамо» Пильгуй не смог зафиксировать мяч, и нападающий красно-синих Владимир Дударенко открыл счёт в матче. «Динамо» отыгралось на 22 минуте после дальнего удара полузащитника Жукова. В следующие 6 минут динамовцам удалось забить ещё два мяча, на 24 минуте забил Еврюжихин, а на 28 Валерий Маслов. Во второй половине матча, за 20 минут до финального свистка, армейцам удалось отыграться. На 71 минуте, после очередного прохода, Истомин сделал пас на Владимира Федотова, который точно пробил по воротам соперника — 2:3. На 75 минуте встречи защитник «Динамо» Анечкин сбил в штрафной площади Федотова. Судья назначил пенальти. Владимир Поликарпов сравнял счёт, пробив в левый от вратаря угол ворот. За 6 минут до конца матча Владимир Федотов с силой ударил по воротам «Динамо», и мяч, отскочив от кочки, влетел в ворота. Матч закончился со счётом 4:3 в пользу ЦСКА. Армейцы, впервые за 19 лет, одержали победу в чемпионате страны. Валентину Николаеву было присвоено почётное звание «Заслуженный тренер СССР». Капитан ЦСКА, Альберт Шестернёв, по итогам сезона был признан лучшим футболистом года, по опросам журнала «France Football» он вошёл в десятку сильнейших игроков Европы.