Их не затирают, их обходят - chkdsk тебе в помощь.
На счёт уменьшения объёма - как ты определишь в каком именно месте исключать часть диска? Да и поможет это всё на небольшое время, поскольку головки стучат - они тебе в любом месте бадов насоздают.
Однозначный совет: архивировать всё ценное пока ещё можно, а винт в топку.
Добавлено через 7 минут
Проверь сперва на разных машинах, или чужую флеху на своей - бывает флешкам не хватает питания - особенно когда принтер с USB, сканер и т. п. никогда не отключаются.