A дальше то чего, после chkdsk?
A вообще у тебя что-то в реестр некорректно прописалось вместо стандартного chkdsk. Проверь в разделе реестра HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\ Control\Session Manager параметр MULTI STRING BootExecute, его значение должно быть "autocheck autochk *".