На том к которому будет подходить конец шлейфа, джампер необходимо выставить в положение master, который подключается к середине slave
Биос в данном случае ни как не может управлять БП с которого идут 12 В по 4-х контактному разЪёму в винчестер. Винчестеры как и простые вентиляторы крутятся всегда.