В подобной ситуации ,думаю, что подключать к середине или к к концу особой роли не играет. Делал и так и эдак - что " мастер" ,что " раб" - оба запрашивают кому первому загрузиться.
Есть один нюанс : первым или первой (если прозевал вопрос) будет грузиться та ось ,которая установлена последней. ( проверено и не раз).
Это касается не только разных винчестеров , но и тогда, когда две оси стоят на одном жестком.
P.S. Спасибо за советы. Подтолкнул к размышлениям касаемых HDD.