В управлении со стороны юзера особой разницы нет, если только в подключении, т.к. мама и такими и такими управляет. Единственное если разъем 4-х пиновый то 3-х пиновый в нем не будет управляемым, т.е. его можно воткнуть в 4-х пиновый, но работать он будет на полную, а 4-х пиновый в 3-х пиновый разъем не воткнешь.
Распайка 4-х пинового: черный - земля, красный - +12В, желтый - тахометрический контакт, темно-синий - контроль скорости вращения. А 3-х пинового: черный - земля, красный - +12В, темно-синий/белый/желтый или зеленый - контроль скорости вращения.