А зачем эта папка нужна? Я просто скопировал папку нужной программы и засунул в удобное для себя место, оттуда и запускал с помощью wine.
Может это еще зависит от программы, которую Вы запускаете. Она не хочет запускаться в каком-то определенном случае, такое у меня было.