[Ringo]

Slava,, бутлоадер может находиться как и в МБР, так и в бутсекотре партишна.
Чтобы была возможность грузиться с загрузчика расположенного в бетчекторе раздела - раздел должен быть активен, это немного сужает круг поиска до одного раздела на каждый ХДД, но я таки пока не нашёл его - лень. xD
Загрузочная часть МБР работает примерно так:
БИОС подгружает МБР, далее идёт переход на основной загрузчик (то, что в МБР на данный момент неспособно производить полноценную загрузку ОС, поэтому используются разные загрузчики, тот же GRUB некоторые знакомые с ним люди сравнивают с полноценной ОС и в чём-то я с ними согласен), загрзчик уже загружает систему.
Тот же GRUB может прописывать свой код как и в МБР, так и в Бутсектор раздела. В любом случае, после отрабатывания этого кода подгружаются другие стадии загрузки (у этого самого GRUB'а они так и называются - stage2 etc).
Так вот в случае с загрузкой Виндовз при помощи GRUB в МБР всё это будет выглядеть примерно так:
МБР - Остальная часть GRUB - chainloader (NTLDR) - OS MS Windows NT-family (:

Я всё равно настаиваю на том, что для начала не мешало бы переписать загрузчик - не важно GRUB, lilo или виндовый нативный.
fixboot & fixmbr -это дело 5 минут, но может и помочь (: