Вроде нет других концовок, я погуглил и нашел одни опровержения. А выбор защитить или нет поезд, прикончить или нет бывшего товарища-бандита в Мексике он скорее всего влияет на честь и только. Я по крайне мере за всю игру вообще не совершил ни одного преступления или поступка снижающего честь, всегда поступал хорошо и все равно получил свинца для Джона.