Floon, чтобы запускать бинарные файлы, да, можно в опциях монтирования прописать exec, но не знаю насчет запуска бинарников именно с windows раздела...
http://help.ubuntu.ru/wiki/fstab#обо...айловых_систем
че за бинарник то? что пишет при запуске? Зачем в linux юзать ntfs? В чем проблема юзать бинарники на нативном unix-разделе?