Нет, по-моему, ты не виноват.
Размеры того, что ты залил и того, что на свапе лежит - одинаковые. Содержимое, наверно, тоже.
Но вот оригинальный образ примерно на 400 КБ больше. Значит, на свап изначально выложили покореженный файл.
Хорошо, если все пакеты внутри целы и это только в хвостовой части образа разница...
Мало кто при копировании дисков заботится о том, чтобы они оставались неизменными. А потом косяки непонятные у народа вылезают.