Нет. От листинга директорий нагрузка не возрастет. Качать все, что на глаза попадется - такие и сейчас есть... только по-моему проще зарегистрироваться, чем бродить в неизвестности, особенно, когда если захотят то спрячут.
Если уж совсем примет все плохой оборот событий прейдется вообще всем запретить ползать по FTP, оставив тока upload и swap и выкладывать на все прямые ссылки для зарегистрированных пользователей.
Конечно, труд большой, но это на благо постоянных посетителей сервера, для которых мы и стараемся.